מכללת סמינר הקיבוצים מציעה תוכנית הכשרה במנהיגות חינוכית במסגרת לימודי הכשרת מורים לבית הספר היסודי. בסיום הלימודים יוענקו לבוגרים תואר ראשון B.Ed ותעודת הוראה.
בתי הספר היסודיים מהווים תקופה קריטית בתהליך הלימודים בה מונחים היסודות החינוכיים הן בתחום הקניית הידע והם בתחום הקניית הרגלי הלמידה של התלמידים ולכן תקופה זו היא משמעותית מאוד בתהליך החינוך הכולל. המורים והמחנכים בבתי הספר היסודיים אחראים להנחת היסודות והתשתית מבחינה לימודית, חברתית, התנהגותית, רגשית וערכית עבור התלמידים בכיתות היסוד א' - ו'. תוכנית הלימודים להכשרת מורים להוראה בבית הספר היסודי מכשיר כוח אדם מיומן ומקצועי להוראה בכיתות א'-ו' ומקנה תעודת הוראה ותואר אקדמי B.Ed.
תוכנית הלימודים להכשרת מורים ומחנכים במנהיגות חינוכית מטרתה להכשיר כוח אדם איכותי ומקצועי לתחום ההוראה בבתי הספר היסודיים. מורים רחבי אופקים בעלי ידע ויוזמה בתחומים תרבותיים וחברתיים היכולים להוביל ולהנהיג שינוי והתחדשות בבתי הספר הן מבחינה חינוכית והן מבחינה חברתית. מסלול הלימודים להכשרת מורים להוראה בבתי הספר היסודיים מקנה כלים ומיומנויות הוראה כלליים וכן התמחות באחד מהמקצועות הנלמדים בבית הספר: מתמטיקה,מדעים,ספרות או תרבות ישראל. מטרת תוכנית הלימודים להעניק למורים לעתיד בסיס ידע רחב ומקיף וכן גישות פדגוגיות ודרכי הוראה מגוונות ויצירתיות להתמודדות בהוראה בכיתות הטרוגניות.
הלימודים בתוכנית ההכשרה במנהיגות חינוכית למורים בבתי הספר היסודיים כוללת מגוון רחב של קורסים והתנסויות חינוכיות: לימודי חינוך - פסיכולוגיה, פילוסופיה, סוציולוגיה ועוד, התנסות מעשית והדרכה בבית הספר בליווי של מדריכות פדגוגיות ומורות מנוסות בביה"ס, התמחות באחד מהתחומים הבאים: ספרות, מקרא ותרבות ישראל, מדעים, מתמטיקה, מעורבות חברתית המשלבת תרומה לקהילה, מיומנויות של אוריינות אקדמית מחקרית.
מכללת סמינר הקיבוצים מציעה מגוון מסלולי לימוד לתואר ראשון ולתעודת הוראה בחינוך ואומנויות. תוכניות הלימוד במכללה עדכניות ורלוונטיות לאתגרים עימם מתמודדת החברה הישראלית בימינו. במהלך הלימודים מושם דגש על התנסות מעשית של הסטודנטים ומעורבות בקהילה ובחברה. הסטודנטים נהנים מיחס חם וליווי אישי של צוות ההוראה והמנהלה במכללה. מכללת סמינר הקיבוצים מציעה מסלול מואץ למצטיינים ומלגות לימודים וכן מסלול השלמה לתואר בחינוך למורים בפועל.