מכון אליה הינו מוסד ללימודי מקצועות ההלכה, ברמה גבוהה ועל מנת לשלב בין לימודי מקצוע מעשי ולימודים תורניים. לימודי קורס מילה במכון אליה מקנים ידע הלכתי ורפואי נרחב בתחום המילה, ומהווים גם הכנה למבחני הרבנות הראשית לישראל.
לימודי מילה במכון אליה מקנים לסטודנטים ידע תיאורטי ומעשי נרחב, ובכלל זה הכשרה בתחום הרפואה ובסטריליזציה על ידי רופא מומחה המאושר על ידי משרד הבריאות. בנוסף, הסטודנטים יכירו בצורה מעמיקה את כל ההלכות בנושא המילה על שבת וגרים, ויזכו להרצאות מפי גדולי הרבנים בתחום. חלק נוסף בלימודי קורס מילה הוא הגשת עבודת גמר בנושא מילה.
אורכו של קורס לימודי מילה הוא חמישה חודשים, במתכונת של פגישה שבועית. הלימודים מתקיימים במתכונת של לימודי ערב, ובכך מקנים הזדמנות להסבה מקצועית או השלמת ההשכלה גם לאנשים עובדים. תנאי קבלה ללימודי קורס מילה כוללים המלצה עדכנית של רב המכיר את המועמד, דוגמת ראש כולל או מרא דאתרא. תנאי קבלה נוסף הוא חתימה על הסכם תנאי לימוד, ותשלום שכר לימוד.
תוכנית לימודי קורס מילה במכון אליה מקיפה ונרחבת, וכוללת את כל הנושאים הנחוצים לשם הכנה לבחינות של הרבנות הראשית לישראל ועבודה מעשית. לימודי יסודות הרפואה במילה והסטריליזציה ושטפי דם נערכים על פי תוכנית לימודים של משרד הבריאות, ונוסף על כך הסטודנטים ייחשפו בצורה נרחבת להלכות מילה, ובכלל זה מילת גר ומילה בשבת. בנוסף, הסטודנטים בלימודי מילה יזכו להרצאות של רבני חוץ, ולהתנסות במילה מעשית.
לאחר כל נושא בלימודי קורס מילה ייערך מבחן, וכן מבחן לאחר סיום החלק הרפואי אשר ייעשה על ידי רופא. בנוסף, הסטודנטים במכון אליה נדרשים למבחן מעשי במילה, וכן להגשת עבודת גמר. לאחר סיום לימודי קורס מילה בהצלחה ועמידה בכל הדרישות, הבוגרים זכאים לתעודת גמר מהמכון באישור הרבנים, אישור מטעם הרב המוהל לשם בחינה ברבנות, וכן תעודה מטעם הרופא לאחר הצלחה בבחינה.