מכון שכטר ללימודי יהודית הוא מוסד אקדמי מוכר על ידי המועצה להשכלה גבוהה, אשר מציע לימודי מקרא, תלמוד ופרשת השבוע באווירה בית-מדרשית במסגרת משל"י - בית מדרש שכטר למנהיגות יהודית, כולל אפשרות ללימודי תואר שני ייחודיים במדעי היהדות. מלגות קיום ומלגות לימוד ייתנו למועמדים המתאימים.
משל"י - בית מדרש שכטר למנהיגות יהודית, הפועל במכון שכטר למדעי היהדות, מציע הזדמנות חדשה ומרתקת לשלב בין לימודי ארון הספרים היהודי בצורה משמעותית, אתגר אינטלקטואלי באווירה פתוחה ופלורליסטית, וכל זאת תוך לימודי יהדות בעלי עומק רוחני ומשמעות אישית. בית המדרש למנהיגות יהודית של מכון שכטר מיועד לגברים ונשים כאחד, מכל גווני הקשת, כאשר תואר ראשון מהווה תנאי קבלה בסיסי.
סטודנטים המשתתפים בלימודי יהדות במסגרת בית מדרש משל"י במכון שכטר זכאים להשתלבות בלימודי תואר שני במדעי היהדות, בהתמחות במסלולים ייחודים דוגמת לימודי ארץ ישראל, ספרות עברית ויהדות, ויהדות ספרד וארצות האסלאם. תוכנית הלימודים הייחודית של מכון שכטר מעניקה לסטודנטים יתרונות רבים, ובהם שילוב ייחודי בין לימודי בית מדרש ולימודי תואר שני במדעי היהדות, מלגות לסטודנטים העומדים בקריטריונים, יחס אישי והתחשבות בסטודנטים עובדים, אפשרות לשלב את לימודי בית מדרש משל"י עם לימודי תעודה מגוונים, ועוד.
לימודי יהדות במשל"י - בית מדרש שכטר למנהיגות יהודית הינם במתכונת של תוכנית דו-שנתית, אשר מתקיימת פעמיים בשבוע במתכונת של יום מלא. לאחר סיום התוכנית ועמידה בכל הדרישות בהצלחה, בוגרים המעוניינים בכך יכולים להגיש מועמדות לתוכנית המשך בת-שנתיים להסמכה לרבנות. חשוב לציין כי בית מדרש משל"י ממוקם בקמפוס החדש והמרווח של מכון שכטר, ומקנה לסטודנטים את כל היתרונות של מוסד לימודים איכותי ומודרני.