מכון אליה הינו מוסד ללימודי מקצועות ההלכה, ברמה גבוהה ועל מנת לשלב בין לימודי מקצוע מעשי ולימודים תורניים. לימודי קורס סופר סת"ם במכון אליה מעניקים לסטודנטים ידע ומיומנויות נרחבות, וסטודנטים מצטיינים אף משתלבים בעבודה במכון אליה לאחר סיום הלימודים.
לימודי סופר סת"ם במכון אליה מקנים לסטודנטים ידע הלכתי נרחב בכל הנוגע לשיטות כתיבת סת"ם, ובכלל זה מיומנות ומומחיות מעשיים. במהלך הלימודים הסטודנטים נדרשים להגיש עבודת גמר בנושא ספרות סת"ם, וזאת בנוסף לבחינות על סימנים, הלכות סת"ם על ידי רבני המכון ורבני חוץ, וכן מבחן מעשי בכתיבת סת"ם. במהלך לימודי סופר סת"ם הסטודנטים נעזרים בספרות מקצועית מגוונת, ובכלל זה ספר משנה ברורה חלק א וספר יריעות שלמה חלק א-ב.
תוכנית לימודי קורס סופר סת"ם במכון אליה עשירה ומקיפה, וכוללת את כל הידע הנחוץ לסופרי סת"ם. לימודי מבוא למקצוע ולתפקיד, הלכות צורת האותיות, הכנת הקולמוס, הלכות סת"ם מספר משנה ברורה ל"ב – ל"ו, הלכות סת"ם, יסודות הכתיבה והלכות סת"ם מספר יריעות שלמה, משנת הסופר הינם נושאי הלימוד העיקריים, אשר מועברים בחלקם על ידי רבני חוץ בכדי להקנות למשתתפים ידע מעמיק המבוסס על ניסיונם העשיר של המרצים האורחים.
אורכו של קורס לימודי סופר סת"ם הוא ארבעה חודשים, הכוללים 17 פגישות במתכונת של פגישה שבועית. הלימודים מתקיימים במתכונת של לימודי ערב, ובכך מקנים הזדמנות להסבה מקצועית או השלמת ההשכלה גם לאנשים עובדים. תנאי קבלה ללימודי סופר סת"ם כוללים המלצה עדכנית של רב המכיר את המועמד, דוגמת ראש כולל או מרא דאתרא. תנאי קבלה נוסף הוא הסכם תנאי לימוד, תשלום שכר לימוד, וקיום אורח חיים של שומר תורה ומצוות.
קשת אנשי המקצוע המשתתפת בלימודי סופר סת"ם במכון אליה הינה מגוונת ביותר, וניתן למצוא אנשי מחשבים, רופאים, תלמידי ישיבה, רואי חשבון ומורים זה לצד זה, כאשר המשותף לכולם הינו הרצון להשתתף במסגרת לימודית ורוחנית מסודרת, וברמה גבוהה. מכון אליה עושה שימוש באמצעים מגוונים על מנת להקל על התלמידים את הלמידה העצמית, מפעיל אתר אינטרנט, שולח דפי מקורות ללימודי עצמי, ועוד. לימודי קורס סופר סת"ם נערכים בקבוצות קטנות, על מנת להבטיח חווית לימודים איכותית, ויחס אישי ויחס מקצועי חם.