מכללת סמינר הקיבוצים מציעה לימודי תואר שניM.Ed במסלול ניהול וארגון מערכות חינוך, באישורה של המועצה להשכלה גבוהה.
העולם המודרני מאופיין בתהליכים רבים של שינוי בתחומי החברה, החינוך והכלכלה מבחינה עולמית ומקומית גם יחד. מערכת החינוך מושפעת מתהליכי הדמוקרטיזציה וביזור הסמכויות הנובעים מהתפישה פוסט מודרנית של ימינו, במקביל להתחזקות החברה האזרחית וחזרה למבנים קהילתיים ואתניים. לימודי ניהול וארגון מערכות חינוך לתואר שני במכללת סמינר הקיבוצים נותנים למנהל בית הספר כלים ומיומנויות מקצועיים המאפשרים לעבוד במצב של מערכת מורכבת ובלתי ליניארית, אשר שונה בתכלית מהמבנה ההיררכי שהיה נהוג עד כה.
השינויים המפליגים במבנה של מערכת החינוך הופכי את בית הספר למוקד ההתעניינות וההתערבות של גורמים רבים, ולעתים בעלי כוונות סותרות. לימודי ניהול וארגון מערכות חינוך לתואר שני במכללת סמינר הקיבוצים מעניקים ידע אקדמי נחוץ ליצירת שותפויות עבודה, בסביבה אוטונומית ותלותית גם יחד. תמורות אלו מצריכות שינויים בהכשרתם של מנהלי מערכות חינוך, ולימודי תואר שני בניהול וארגון מערכות חינוך מסייע להעצמת המנהלים כמנהיגים חברתיים וקהילתיים, בד בבד עם העמקת הידע בתחומי הארגון, החינוך והמנהל הרלוונטיים.
מכללת סמינר הקיבוצים הציבה שלוש מטרות במהלך לימודי ניהול וארגון מערכות חינוך לתואר שני. מטרה ראשונה היא רכישת ידע ותובנה הקשורים לקביעת מדיניות חינוכית בהקשר עולמי וישראלי, מטרה נוספת היא רכישת ידע והעצמת מיומנויות אישיות בתחומי הניהול והארגון בכלל, ואילו המטרה האחרונה מתמקדת בהקניית ידע, מיומנויות וערכים הנחוצים לפיתוח מנהיגות חינוכית למנהלים לעתיד. מלבד זאת, לימודי ניהול וארגון מערכות חינוך שמים דגש מיוחד על זיקה של הידע הנלמד בתחומי הניהול והמנהיגות לשדה החינוך בכלל ולפרקטיקה הבית-ספרית בפרט.
לימודי ניהול וארגון מערכות חינוך לתואר שני כוללים ארבעה סמסטרים על פני יומיים בשבוע, ואורכים שנתיים עד חמש שנים. לימודי תואר שניM.Ed בניהול וארגון מערכות חינוך במכללת סמינר הקיבוצים מציבים מספר תנאי קבלה, ובהם תעודת הוראה, תואר ראשון בציון של 85 לפחות, וותק של חמש שנים לפחות בהוראה או בעבודה במסגרת חינוכית בניהול, הוראה או תפקידים אחרים. ניתן להכיר בקורסים מלימודי התואר הראשון, אך יש לבדוק זאת בצורה פרטנית טרם ההרשמה.